Yayasan Bina Muallaf ini memiliki program kerja sebagai berikut: 

  1. Mengadakan pengajian rutin mingguan dan bulan dimasing-masing wilayah
  2. Memberikan sarana kosultasi untuk muallaf secara lansung ataupun melalui media lainya (BBM, YM, FB)
  3. Menjalin kerjasama dengan DKM masjid dan lembaga Islam di seluruh Indonesia dalam menyediakan sarana dan prasarana yang dibutuhkan para mualaf
  4. Menggalang dana yang halal untuk mewujudkan tujuan bersama.
  5. Memberikan bantuan moril dan materil kepada mualaf yang mendapatkan masalah karena ke-Islamannya  serta memberikan bantuan hukum bagi mualaf yang membutuhkan
  6. Menyediakan tenaga konsultan dan pengajar yang kompeten.